Samurai Shodown Sen segue uma jovem europeia chamada Suzu, resgatada de um navio naufragado na costa do Japão, adotada pelo Clã Amori e criada como Princesa Suzu. Uma década depois, ela salva Takechiyo, um autoproclamado mestre das artes marciais, depois que seu navio afunda e ele acaba lavado na praia; logo após este encontro casual, a situação muda quando a princesa Suzu desaparece misteriosamente e Takechiyo promete encontrar seu salvador desaparecido. Ficando perto de suas raízes, ao lado da Princesa Suzu, Takechiyo e uma série de novos personagens, uma infinidade de velhos favoritos da série foram fielmente incorporados, incluindo Haohmaru, Galford, Hanzo Hattori, Nakoruru e Ukyo Tachibana - levando os guerreiros para mais de 20 no total. Os jogadores podem se tornar qualquer um desses lutadores exclusivos através da rede de entretenimento online Xbox LIVE, para lutar contra amigos e ver quem consegue chegar ao topo de um sistema de classificação online mundial.