Baseado no Carrier Command original lançado em 1988, e totalmente licenciado e endossado por seus criadores, Carrier Command: Gaea Mission se esforça para oferecer uma jogabilidade intensa e inovadora em uma versão verdadeiramente de última geração. O jogo se passa no Universo de Gaia, com a história adaptada do segundo romance da trilogia de ficção científica. A história gira em torno de uma tripulação que acorda de sua hibernação de trinta anos no meio de uma guerra que se estende da Terra até a primeira colônia da humanidade em outro sistema solar.